הזדהות משרד החינוך 
בשנת 1940 פורסם שירו הראשון של המשורר, ”כשספינות הולכות הימה”, ומאז עושה שירתו את דרכה אל הלבבות ואל רבבות בתים בישראל.
תמורות רבות עברו על שירתו של יונתן במשך השנים, אך תמיד שמרו שיריו על ניקיון ההבעה, על זיקה עמוקה אל הזמן ועל קשר חי ואינטימי עם הקורא. במהלך השנים השיגה שירת יונתן בשלות, הבאה לביטוי בעיצוב אסתטי מעודן של כלי הבעה משוכללים וראיית-עולם והגות פיוטית סגולית.
המאפיין העיקרי של פואטיקה זו, היא הדיאלקטיקה, הנוצרת מתהליך רצוף של שינויים בתבניות חיצוניות, תוך הסתגלות והפנמה של חליפות הזמנים בשירה, בשילוב עם התמדה של חומרים לשוניים, יסודות תימטיים, תפיסת עולם, תמונות ומצבי רוח הקבועים והאופייניים למשורר עוד מראשית דרכו. כפילות זו, של השתנות והתחדשות בצד התמדה, יוצרת שילוב מרתק ונדיר של היענות לאתגר חילופי הזמנים, האסכולות והאפנות בשירה, עם נאמנות עצמית בלתי מתפשרת. שירתו של יונתן היא מעין סיסמוגרף פיוטי לאביביה וסתוויה של הארץ הזאת, של שירתה ושל רוחם ונפשם של האנשים החיים בה, ומטביעה חותם מובהק על תרבותה וניגוניה.
שירת יונתן שומרת על בהירות ופשטות המבע, על מעין-ריאליזם של מקום, זמן, נופים ומוסיקליות פנימית. יתרונות אלה הם שמשכו אל שירתו את המוני אוהביו ומלחיניו, אשר השיבו את רוחם בחצר האחורית המוצלת של שירתו, בינות האלונים, פריחת ההרדופים, החרציות, החצבים, פרחי היום והליל, האקציה הזהובה לאורך כביש החוף, שפע מקורות המים המפכים בה, החופים, הצדפים, האבנים, העצב והקצף, עונות השנה, כְּאֵב השכול והארץ היחידה הזאת, שאת יושביה היא אוכלת וזבת חלב ודבש ותכלת.
אך מעבר לתדמית הבהירה, למבואה הלבבית מכניסת האורחים ולטרקליניה הצבעוניים והריחניים – בעומק אפלת המרתפים ומעליהם, במרומי הקומות העליונות של שירתו הענפה, משתרגים להם עולמות פיוטיים והגותיים מורכבים. כלי הבעה שיריים משוכללים, רבדים רבי-קומות של הלשון העברית, טעונה, מעובה וציורית, אינסוף רמיזות למקורות היהדות, הספרות והתרבות המערבית מראשיתה וועד ימינו, דיאלוגים עם יוצרים מכל הדורות ומכל תחומי היצירה. כל אלה משרטטים בבשלות פואטית והומניסטית נדירה, את מסע חייו של האדם על קו הקץ ואת הגורל האנושי והלאומי, תוך התמודדות אסתטית, באצילות רומנטית ומפויסת של משורר משכיל, בעל השקפת עולם ופואטיקה מבוססות ועקביות. זו שירה קיומית, המשרטטת ברגישות את תחושת החיים של האדם על קו הקץ. שורותיה אינן קוראות תיגר, אלא מתייצבות מול תהפוכות הגורל האנושי והלאומי באהבה, תוך התמודדות, הבנה והשלמה.
 |
התקבלותה של שירת יונתן בקרב קהל הקוראים זיכתה אותו בחוג נרחב של אוהבים מכל שכבות קוראי השירה העברית, בארץ ובחו"ל. זו שירה הנקראת ומצוטטת בעיתות של זיכרון ומועד, צער ושמחה, ואין דומה לה במידת עממיותה ותפוצתה.
שירתו של נתן יונתן דוברת בשפה העברית על כל רבדיה: שפת דיבור יומיומית בצד לשון המקרא, המשנה, האגדה והתלמוד, לשון הפיוטים וימי הביניים, וכן השפעות מן העולם הקלאסי. שורשיה של שירה זו במקורות העתיקים, ונופה פתוח לרוח הזמן.
|
בכל תמורותיה הפרוזודיות, שומרת שירת יונתן על ניגוניות, בין אם זו תלויה מלכתחילה בסכימה של משקל וחריזה, ובין אם לאו. ניגוניות זו טבועה בריתמוס הפנימי של ההבעה היונתנית. משום כך משכו שיריו של יונתן, בכל התקופות, מלחינים, רבים וטובים, שכתבו להם מנגינות, והפכו את שירתו לנכס פיוטי הנישא בפי כל: בבתי ספר, בבתי כנסת, (בארץ וגם בחו"ל – שם נכנסו שיריו המולחנים לזמירות אשר בסידורי התפילה) בתנועות הנוער, במועדוני זמר, ברשות היחיד וברשות הרבים, כביטוי מקורי לתרבותה ורגשותיה של הארץ והחברה הישראלית. די להזכיר שירים כמו "האיש ההוא", "חופים", "שיר ארץ", "יש פרחים", "החול יזכור", "שירים עד כאן", "שיר אהבה ישן"(אניטה וחואן) "הרדופים", "מת אב ומת אלול", "כל קיץ", "שני אלונים", "זמר לבני" (לכשתגדל ליאור), "שאון התותחים נדם", "על ענפי שיטה", "דוגית", "שיר השיירה" "העולם עגול ופתוח" ועוד. (קרוב ל – 200 משיריו הולחנו; מרבית השירים הופיעו בספרי שירתו ורק אחר כך באו אליהם המלחינים והלחניםת).
לא ניתן לתאר את עולם השירה והזמר, ואת חווית התרבות הישראלית, ללא תרומתו השירית של משורר אהוב ומקובל זה.
נתן יונתן מזוהה מאוד עם מהלך שנות קיומה של מדינת ישראל, הן באופייה של שירתו, נושאיה, מראותיה ונופיה הלשוניים והסימבוליים, הניחוח הישראלי שלה ועיצובה האמנותי, והן באישיותו וגורלו האישי – לוחם במלחמת השחרור, אב שכול שאיבד את בנו, ליאור, במלחמת יום הכיפורים ומשורר, המבטא בשירתו את גורלו של הישראלי המתעקש להכות שורש בחיים ובאדמת הארץ הזאת.
בשנות חייו האחרונות כינס חמישה מבחרים משיריו, על פי נושאים: "שירים באהבה" (אסופת שירי אהבה), "שירים על אדמה ומים" (אסופת שירי ארץ), "חסד השירים" (אסופת שירים על השירה), "לקט שכחה ופאה" (אסופת שירים שונים) ו"שירים על ספר הישר" (אסופת שירי מקרא ואגדה).
– יומיים לאחר מותו ראה אור המבחר הגדול והכולל ביותר מכל שיריו, אותו הספיק לערוך בעצמו – "שירים בכסות הערב" בהוצאת "ידיעות אחרונות".
– עוד בטרם מותו החל בעריכת ספרו "WITH IN THE SONG TO LIVE" מהדורה דו-לשונית, אנגלית-עברית. הספר ראה אור, בו-זמנית, בצפון אמריקה ובישראל (הוצ' גפן,
י-ם) במלאת שנה למותו. (מרס 2005)
– באוגוסט 2007 ראה אור מבחר משירי העיזבון שהותיר אחריו: "שירים שנשארו" בהוצ' "ידיעות אחרונות"
– ביוני 2008 ראתה אור מהדורה דו לשונית, ספרדית-עברית "APOSTAR AL TIEMPO" – ("להמר על הזמן"), במדריד – ספרד, בהוצאת הספרים המכובדת "ויסור", בשיתוף משרדי החוץ הספרדי והישראלי ובמסגרת מלאת 60 שנה למדינת ישראל.
נתן יונתן נפטר ב- 12 במרס 2004.
בן שמונים וחצי היה במותו.
הוא השאיר אחריו אישה (נילי) שני בנים (זיו ותום) בת (נטע) ושלושה נכדים (גיא, זהר וליאור).
בהיותו אב שכול, נקבר המשורר בחלקת ההורים השכולים, בבית הקברות בקרית שאול בת"א.
